明朝天啟年間，左都御史楊漣因得罪魏忠賢含冤入獄，魏忠賢授意東廠及錦衣衛秘密將楊家滅門，徐長卿受王冬青所托秘密救援楊漣孫女楊紫萱，長卿舍身護送紫萱從應山府逃到龍泉村同仁醫館投靠劉謙，劉謙感念恩師楊漣恩情，將紫萱收作關門弟子細心照顧并傳授其醫學知識，此后幾個人將醫館生意打理的井井有條，沒想到卻引來同行郎中吳南星的嫉妒，最后驚動魏忠賢黨羽，魏忠賢得知楊紫萱蹤跡派出多批殺手奔醫館而來，只為將楊家孤女紫萱和賬本（楊漣所留魏忠賢通敵）一同斬草除根……江湖風云又起。
在韓佩蘭徐長卿等人保護下劉謙紫萱準備開始轉移，不料突遇梅李莊傳來瘟疫，劉謙不懼生死多次救護軍民百姓。最后，在劉謙和誠王和王冬青等人的鼎力幫助下，瘟疫得到控制，劉謙也贏來“俠醫”稱號，大太監魏忠賢終被扳倒，楊漣被崇禎皇帝平反并追封“忠烈”。