誰也不曾想過，七十年前那期神秘的羅斯威爾事件，時至今日仍對全體人類產生著如此巨大的影響。并且鮮少有人窺見真相的全貌，即使它就在那里。某天，過著頹廢生活的前聯邦探員福克斯·穆德（大衛·杜楚尼 David Duchovny 飾）以及他最為信賴的搭檔——正在某某教會醫院擔任醫師的丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）重新聚在一起。原來一檔旨在揭露政治黑幕節目的主持人找到他們，希望二人披露政客利用外星人來控制人類的真相。以此為契機，關閉已久的X檔案重新開啟。一度對各種離奇事件失去信心的穆德，在斯科莉的陪伴下重新踏上征程。
而這一路上，層層隱藏起來的真相以及人類可怕的未來，將相繼呈現在他們的眼前……