第一季的最后一集，當邁克（文特沃斯?米勒 Wentworth Miller 飾）和林肯（多米尼克?珀塞爾 Dominic Purcell 飾）他們跑到黑幫老大阿布魯奇派來的飛機所停泊的地方時，飛行員因為安全問題而沒等到他們就離開了。逃脫的囚犯們只能望天長嘆，于是，他們各自展開了逃亡生涯。
FBI追捕逃犯的資深探員馬宏在副總統的授權下成為捉捕小組的主管，他決定逐個擊破。另一方面，莎拉的父親因為林肯這起案件而遭滅口，她開始相信麥克了，并從父親的遺物那里獲得蛛絲馬跡；副總統的手下Kellerman 前往捉捕林肯的兒子LJ準備拿他當人質時，將LJ一家都殺死了，而卻被LJ意外逃脫；一直幫助林肯的律師掌握到了越來越多的線索……一切陰謀似乎都在慢慢揭開。